Hoe word contigs in steiers saamgestel?
Hoe word contigs in steiers saamgestel?

Video: Hoe word contigs in steiers saamgestel?

Video: Hoe word contigs in steiers saamgestel?
Video: How to Perform Circular Contig Assembly with Geneious Prime 2024, November
Anonim

Wanneer 'n konsepgenoom geskep word, is individuele lees van DNA eerste saamgestel in kontiges , wat uit die aard van hul samestelling , het gapings tussen hulle. Die volgende stap is aan oorbrug dan die gapings tussen hierdie sluit aan skep 'n steier . Dit kan gedoen word deur gebruik te maak van óf optiese kartering óf maat-paar volgordebepaling.

Net so, kan jy vra, wat is contigs en steiers?

A steier is 'n gedeelte van die genoomvolgorde gerekonstrueer uit eindvolgorde-heelgenoom haelgeweerklone. Steiers bestaan uit aaneenlopende en gapings. A aaneenlopend is 'n aaneenlopende lengte van genomiese volgorde waarin die volgorde van basisse tot 'n hoë vertrouensvlak bekend is. In sommige gevalle, steiers kan oorvleuel.

Ook, wat is contigs in bioinformatika? A aaneenlopend (van aangrensend) is 'n stel oorvleuelende DNS-segmente wat saam 'n konsensusgebied van DNS verteenwoordig. Contigs kan dus beide verwys na oorvleuelende DNS-volgorde en na oorvleuelende fisiese segmente (fragmente) vervat in klone, afhangende van die konteks.

In hierdie verband, hoe word contigs saamgestel?

Die stel van die oorvleuelende DNS-volgorde van DNS-fragmente staan bekend as a aaneenlopend . Contig kartering is 'n proses waardeur oorvleuelende klone is saamgestel om daardie oorvleueling te volgorde. Dit behels die reël van die aaneenlopende in orde en oriëntasie. Kloon aaneenlopende outomaties kan wees saamgestel met behulp van hul BAC-end rye.

Hoekom is contigs belangrik?

Contig samestelling is 'n belangrik stap in genoomsamestelling. Vir kartering word oorvleuelende klone saamgestel om daardie oorvleueling in volgorde te plaas. Elke fragment word in 'n vektor gekloon en van beide kante in volgorde georden om 'n volgordelengte van ongeveer 600–700 bp te produseer. Die volgorde van beide kante van DNS-fragment word 'n paarkant genoem.

Aanbeveel: