Hoe word belyningtelling bereken?
Hoe word belyningtelling bereken?

Video: Hoe word belyningtelling bereken?

Video: Hoe word belyningtelling bereken?
Video: How high can you count with 10 bits? [The Approximate Counting Algorithm] 2024, November
Anonim

Die telling van 'n belyning , S, bereken as die som van substitusie en gaping tellings . Vervanging tellings word gegee deur 'n opsoektabel (sien PAM, BLOSUM). Gaping tellings is tipies bereken as die som van G, die gapingsopeningstraf en L, die gapingsverlengingstraf. Vir 'n gaping van lengte n, sal die gapingskoste G+Ln wees.

Gevolglik, wat is belyningstelling?

Optimaal belyning en belyning telling 'n optimale belyning is 'n belyning die hoogste gee telling , en belyning telling is hierdie hoogste telling . Dit wil sê die belyning telling van X en Y = die telling van X en Y onder 'n optimale belyning . Byvoorbeeld, die belyning telling van die volgende X en Y is 36.

Behalwe hierbo, hoe werk volgordebelyning? In bioinformatika, a volgorde belyning is 'n manier om die te reël rye van DNA, RNA of proteïen om streke van ooreenkoms te identifiseer wat 'n gevolg kan wees van funksionele, strukturele of evolusionêre verwantskappe tussen die rye.

Hiervan, wat is telling in bioinformatika?

In die konteks van volgordebelynings, a telling is 'n numeriese waarde wat die algehele kwaliteit van 'n belyning beskryf. Hoër getalle stem ooreen met hoër ooreenkomste. Die telling skaal hang af van die puntetelling stelsel gebruik (vervangingsmatriks, gapingboete).

Wat is optimale belyning in volgordebelyning?

Die optimale belyning van twee proteïene rye is die belyning wat die som van paar-tellings maksimeer minus enige straf vir ingevoerde gapings. Dinamiese programmering laat die optimale belyning van twee rye te vinde in die volgorde van mnstappe, waar m en n die lengtes van die is rye.

Aanbeveel: